El Dr. Neo Cortex es un jefe recurrente de los juegos de la saga de Crash, apareciendo como tal en casi todos, solo con la excepción de Crash Bandicoot 2: N-Tranced, donde solo aparece en el modo multijugador.
Usualmente suele ser el último jefe de cada juego, exceptuando solamente a Crash Twinsanity y Crash: Lucha de Titanes, donde es el primer jefe en ambos juegos.
Batallas[]
Crash Bandicoot[]
Cortex es el sexto y último jefe en Crash Bandicoot. Es el nivel número treinta y uno del juego, y el decimocuarto y último nivel de la tercera isla. Tiene 5 puntos de vida.
La batalla transcurre durante el atardecer sobre el dirigible de Cortex, el cual está volando alrededor del castillo, que está sumido en un gigantesco incendio. Cortex aparece frente al dirigible montado en una aeronave ligera que emana humo constantemente.
Nada más comenzar la batalla, Cortex dice "Darn you, Crash Bandicoot!" (¡Te maldico, Crash Bandicoot! en español). Acto seguido la batalla comienza como tal. Cortex usa su pistola y comienza a disparar bolas de energía hacia Crash, habiendo tres variantes de estas: las bolas moradas, azules y verdes. La diferencia radica en que ni las moradas ni las azules pueden ser devueltas por Crash, mientras que las bolas verdes sí. También cabe señalar que las bolas azules no van en dirección a Crash, en cambio se dirigen a los laterales del escenario, y comienzan a moverse en varias direcciones a través de la plataforma. Crash debe devolver las bolas verdes para poder dañar a Cortex. Por cada golpe que Crash le dé a Cortex, deberá devolverle una bola extra para poder hacerle daño, debiendo solo devolver una bola verde la primera vez, dos la segunda, y así sucesivamente.
Durante el combate los patrones de ataque de Cortex cambian constantemente, específicamente cada vez que Crash logre dañarlo. Llegando a presentar un desafío considerable para Crash el esquivar sus ataques.
Luego de haber sido golpeado 5 veces por sus bolas de energía, su aeronave será destruida y cayendo así al vacío. Terminando así el juego, y presentándose los créditos.
Cortex logra sobrevivir a la batalla, y los acontecimientos de la intro de Crash Bandicoot 2 tienen lugar justo después de esta, y 1 año después de esta toman lugar los hechos del juego en sí.
Crash Bandicoot 2: Cortex Strikes Back[]
En esta entrega, Cortex y Crash se enfrentan usando jetpacks en el espacio exterior, mientras vuelan a través de unos anillos ubicados en medio de un cinturón de asteroides. Durante toda la batalla, Cortex no atacará a Crash en ningún momento, limitándose únicamente a huir de él. Crash debe volar cuidadosamente a través del cinturón de asteoriodes para evitar chocar contra los propios asteoriodes y las minas que hay por la zona. Además Crash deberá vencer a Cortex antes de terminar el circuito, pues al final de este hay un portal por el cual Cortex logra escapar.
Si Crash logra atinarle 3 golpes básicos a Cortex, su jetpack se destruirá, la batalla habrá terminado, y por lo tanto se presentará una escena final, en la que Coco le preguntará a Crash qué pasó con Cortex, estando ambos acostados en la playa. Con el juego finalizado se presentarán los créditos.
A pesar del incidente, Cortex sobrevive y logra volver a su nave e irse del planeta.
Crash Bandicoot 3: Warped[]
En esta entrega la batalla tiene una charla previa entre Crash, Uka Uka y el Dr. Neo Cortex. Al terminar la escena, la batalla comenzará con el Dr. Neo Cortex sobre una plataforma enfadado, y la máscara Uka Uka a su lado. Inmediatamente Uka Uka se pone en la cara de Cortex, y dice "Crash Bandicoot, for the last time, give the crystals to me!" ("¡Crash Bandicoot, por última vez, dame los cristales!" en español). Adicionalmente activa el campo de fuerza de Cortex y la batalla comienza.
Al comenzar la batalla Uka Uka y Aku Aku se enfrentan directamente, ambos usando sus poderes contra el otro, y moviéndose a través del escenario. Es precisamente el haz que desprenden estos dos personajes, el cual Crash debe evitar tocar. Adicionalmente, Cortex estará lanzando bolas de energía en dirección a Crash. Luego de un rato, Cortex lanzará unas minas, que Crash debe esquivar, y su pistola se estropeará, dejándolo expuesto a los ataques del protagonista. En este punto Cortex quedará inconsciente y se abrirá una compuerta en el centro del escenario. Crash debe empujar a Cortex a este agujero, y así Uka Uka y la plataforma bajarán a rescatarlo.
La batalla sigue el mismo rumbo, ya que luego de que Cortex logre recomponerse, las máscaras seguirán luchando, pero ahora en vez de lanzarse un haz de magia, girarán entre ellas por el escenario. Adicionalmente, Cortex lanzará minas a través del escenario, que Crash deberá evitar. Eventualmente la pistola de Cortex se descompondrá, y Crash deberá aprovechar para golpearle y botarlo por el agujero del centro del escenario.
Finalmente Cortex se repondrá nuevamente, y las máscaras seguirán luchando, mientras Cortex le dispara bolas de energía y minas a Crash. Nuevamente Cortex quedará al descubierto por culpa de su pistola, y Crash aprovechará esta ocasión para darle el golpe final al científico.
Al finalizar la batalla la primera vez, aparecerá un portal por el cual Crash podrá irse del lugar. Luego se verá una escena en la que Cortex cae hasta el fondo del escenario, y este se pone a pensar en qué hacer para sus vacaciones, ya que considera que ha tenido suficiente. Acto seguido se retracta de ello y aparece Uka Uka desafiando a Crash, diciendo que no ha terminado el juego aún, y ambos proceden a irse del lugar a través de un portal que aparece justo donde ellos están.
Si el jugador ha completado el juego al 100%, aparecerá una escena alternativa, en la que Uka Uka y el Dr. Neo Cortex son finalmente derrotados, y la máquina se destruye definitivamente. El jugador recibe una gema extra, y se ve el verdadero final del juego.